La emperatriz Carlota viajó a Europa para solicitar a distintos monarcas que intercedieran por el archiduque, pero tampoco tuvo fortuna. En un intento desesperado acudió al Papa Pío XI para pedirle que extendiera un concordato (acuerdo entre un Estado y la Iglesia católica), pero el Pontífice no tuvo una respuesta clara. A partir de ese momento Carlota perdió paulatinamente la cordura hasta ser declarada demente. En un acto benévolo de la razón ausente, ni siquiera se habría enterado de la muerte de su esposo.
En México la fecha fatal había llegado para el emperador, quien según las crónicas regaló una moneda de oro a cada uno de militares que integraron el pelotón de fusilamiento. "En un día tan hermoso como éste quería morir", fueron algunas de sus palabras ese 19 de junio de 1867.
De acuerdo con el acta de defunción expedida, Fernando Maximiliano José falleció en el Cerro de las Campanas a las 07:30 horas. Recibió cinco balazos en el cuerpo, pero fue aceptada su petición de no recibir impactos en el rostro en consideración de sus deudos. Tenía 35 años de edad. Junto a él cayeron sus generales Tomás Mejía y Miguel Miramón, a quien otorgó la distinción de colocarse al centro.
La leyenda ha dejado entrever una supuesta absolución de Juárez basada en el hecho de que ambos personajes eran miembros de la logia masónica, una especie de "hermanos de culto".
Abona a este supuesto el que la princesa Sofía de Baviera, madre del malogrado emperador, se negara a reconocer a su hijo en los restos embalsamados que llegaron a Austria luego de una travesía de seis meses.
En El Salvador vivió por aquellos años un personaje de modos aristocráticos cuyo origen todavía sigue siendo un misterio, Justo Armas. Algunos piensan que se trataba en realidad de Maximiliano en búsqueda de una tercera patria. Los historiadores nunca han tomado esta versión en serio.
Carta de Maximiliano al presidente Juárez (fragmento)
"Próximo a recibir la muerte, a consecuencia de haber querido hacer la prueba de si nuevas instituciones políticas lograban poner término a la sangrienta guerra civil que ha destrozado desde hace tantos años este desgraciado país, perderé con gusto mi vida, si su sacrificio puede contribuir a la paz y prosperidad de mi nueva patria".
